Родился 24 августа 1839 г. в городе Бейште (Чехия). Учился в Праге, в Школе органистов. Одновременно обучался игре на фортепиано.

В 1861 г. Направник получил приглашение приехать в Россию. Здесь он был сначала дирижером домашнего оркестра князя Юсупова, а с 1863 г. — дирижером Мариинского театра в Петербурге.

На протяжении 50 лет Направник возглавлял оперный театр в Петербурге, много сделав для музыкальной культуры своей второй родины. Он блестяще овладел достижениями русской музыки, усвоил ее исполнительские традиции. В репертуаре Направника было около 100 опер. Под его управлением впервые прозвучали такие оперы, как «Каменный гость» Даргомыжского, «Борис Годунов» Мусоргского, «Снегурочка» Римского-Корсакова, «Пиковая дама» Чайковского и много других шедевров русской музыкальной классики. Особенный успех выдал на долю Направника в связи с возобновлением и талантливой постановкой оперы Глинки «Руслан и Людмила». Почетное место занимала в репертуаре Мариинского театра и опера «Иван Сусанин» Глинки. Направник продирижировал ею 500 раз. В конце жизни Направник осуществил постановки тетралогии Вагнера «Кольцо нибелунга», «Фиделио» Бетховена, «Орфея и Эвридики» Глюка.

Свое мастерство дирижера Направник проявил, участвуя и в концертной жизни России. С 1869 по 1881 г. он руководил симфоническими концертами Петербургского отделения Русского музыкального общества.

Интенсивную деятельность дирижера Направник совмещал с творчеством. Он написал четыре оперы: «Нижегородцы» (1868), «Гарольд» (1885), «Дубровский» (1894), «Франческа да Римини» (1902), четыре симфонии, три струнных квартета и целый ряд других произведений. В творчестве Направника ощутимо влияние Глинки и особенно Чайковского.

Скончался Э. Ф. Направник 23 ноября 1916 г. в Петрограде.

Большой популярностью вплоть до наших дней пользуется опера «Дубровский». Искренняя взволнованность ее музыки, мелодичность и высокое мастерство завоевали ей любовь самых широких слоев слушателей.